En la secuela del éxito animado nominado al Oscar de DreamWorks, Un Jefe en Pañales 2: Negocios de Familia, los hermanos Templeton – Tim (James Marsden, de la franquicia de X-Men) y su hermanito Ted (Alec Baldwin) – se han convertido en adultos que se han alejado el uno del otro. Tim es ahora un padre de familia, que se queda en casa cuidando a sus hijos; mientras que Ted es el CEO de un fondo de inversión. Pero una nueva jefa en pañales, con un liderazgo nato que está a punto de unirlos nuevamente… e inspirar un nuevo negocio familiar.
Tim y su esposa, Carol (Eva Longoria), el sostén de la familia, viven en los suburbios con su brillante hija de 7 años, Tabitha (Ariana Greenblatt, de Avengers: Infinity War), y su recién nacida bebé Tina (Amy Sedaris, de la serie de Netflix Bojack Horseman). Tabitha, quien es la número uno en su clase en el prestigioso Centro Acorn para niños avanzados, sueña con convertirse en alguien como su tío Ted a quien idolatra, pero Tim, que sigue siendo un soñador, se preocupa porque su hija se pierda de una niñez común por enfocarse en trabajar tanto.
Cuando la pequeña Tina revela que ella es —¡ta-rán! — una agente secreta de BabyCorp en una misión para descubrir los oscuros secretos detrás de la escuela de Tabitha y su misterioso fundador, el Dr. Edwin Armstrong (Jeff Goldbum), esto reunirá a los hermanos Templeton de maneras inesperadas, llevándolos a revaluar el significado de la familia y descubrir lo que es realmente importante.
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